El Valle del Río de la Toba se encuentra entre las Sierras del Chaparral y de las Guájaras, su geografía agreste, ha complicado, en gran medida, el asentamiento humano ya que las áreas donde es posible el cultivo son limitadas y reducidas. De ahí que recibiera el nombre árabe de "Wa-Rum" que significa abrupto o escarpado.
No existen, por el momento, datos claros sobre asentamientos paleolíticos o neolícos de importancia. Aunque, en buena lógica, es de esperar que durante estos periodos el territorio que actualmente ocupa nuestro municipio fuera habitado de forma discontinua por diversos grupos humanos de escasa importancia numérica. Existen vestigios descontextualizados de época prehistórica que no permiten asegurar la ocupación humana en esta época.
Los primeros restos de poblamiento datan del periodo ibero-romano. En concreto el yacimiento del Minchar, los Cortijuelos y algún que otro resto nos indica que como consecuencia de la colonización romana de la costa mediterránea, esta se extendió también hacia el interior, aunque de forma mucho menos importante.
A partir del 711 la expansión de los pueblos árabes por toda la península marcará de forma definitiva el territorio que nos ocupa. Dos núcleos aparecen como claro exponente de la ocupación permanente: El Castillejo y Guájar La Vieja. Es de suponer que a partir del siglo XI se empezara a ocupar el territorio de forma organizada; y es por lo tanto en esta época donde ubicamos el origen de las poblaciones actuales. A partir de este momento se produce un extraordinario esfuerzo humano por acondicionar este agreste medio físico. El desarrollo de la actividad agraria, sobre todo en huertas de la vega del río Toba o río de la Sangre, marcará junto con la existencia de nacimientos de agua el asentamiento de los primeros núcleos. Así es de suponer que desde épocas muy tempranas existieron los tres núcleos que hoy conocemos como G. Alto, G. Faragüit y G. Fondón. De esta manera, a lo largo del Valle se asientan numerosas alquerías, algunas de ellas, origen de las poblaciones actuales: Guájar Alto, Guájar Faragüit, Guájar Fondón y la Bernardilla; Existía otra, Guájar la Vieja, que posteriormente fue despoblada, lo mismo que el poblado fortificado de "El Castillejo".
Tras la Toma de Granada, los Reyes Católicos repartieron los municipios de los Guájares a sus lugartenientes, por sus buenos servicios prestados a la corona: Guájar Faragüit al capitán Don Luís de Portocarrero, Señor de Palma; Guájar Fondón fue cedida a Don Juan de Ulloa; mientras que Guájar Alto seguiría perteneciendo a la Corona. Quizás, el hecho histórico más significativo acaecido en Los Guájares fueron los incidentes que tuvieron lugar a finales del s. XVI durante la Rebelión de los Moriscos, que presentaron aquí una especial virulencia.
Tras ellos, los moriscos fueron expulsados, procediéndose a la repoblación con 90 colonos cristianos de los montes de Granada, Jaén y Ciudad Real. A estos nuevos pobladores, se les repartían en suertes, los bienes que habían perteneció a los moriscos. En la navidad de 1884 se produjo un terremoto en la provincia, que afectó a los tres pueblos ocasionando graves daños materiales, quedando muchos inmuebles convertidos en escombros. En 1.973 se creó el Municipio de Los Guájares por fusión de los tres antiguos ayuntamientos: Guájar Alto, Guájar Faragüit y Guájar Fondón.